Née en 1957 à Paris d'une mère chimiste et d'un père intellectuel qui n'a jamais publié ses ouvrages, la petite Fred (diminutif de Fréderique) est vite marquée par la dualité de cet héritage génétique. Elle doit en effet à sa mère son esprit mathématique tandis que ses aptitudes artistiques ont été développées auprès de son père, une "encyclopédie humaniste", selon elle. La jeune fille grandit auprès de sa sœur jumelle, Joëlle, et entreprend après son bac des études d'histoire. Tout cela la mène à devenir une brillante archéozoologue, branche archéologique désignant les chercheurs collectant des informations sur les sociétés passées à partir d'ossements d'animaux. Elle se spécialise sur la vie villageoise dans l'Europe Moyenâgeuse.
Pourtant, cette brillante scientifique ressent le besoin de réveiller sa fibre paternelle et se lance dans la bande dessinée, puis l'accordéon. Mais ne se trouvant pas assez bonne musicienne, Fred Vargas pense qu'elle trouverait "amusant" d'écrire un roman policier. Elle signe sous le nom de Fred Vargas en reprenant le pseudonyme porté par sa soeur, peintre de son état (Jo Vargas, qui a elle-même emprunté ce nom au personnage joué par Ava Gardner dans La Comtesse aux pieds nus de Joseph L. Mankiewicz). Mais bien qu'elle renie aujourd'hui ce livre ("nul de chez nul", dira-t-elle), sa première tentative est un coup de maître : en 1986, « Les Jeux de l'amour et de la mort » remporte le prix du Roman policier du Festival de Cognac, et se voit publié aux Éditions du Masque.
Son deuxième roman marque également sa carrière, et ce pour plusieurs raisons. Tout d'abord, c'est le premier publié aux Éditions Viviane Hamy, une jeune maison auprès de qui elle restera fidèle. C'est également la première fois qu'apparaît sous sa plume son personnage fétiche, le commissaire Jean-Baptiste Adamsberg, dont elle décrit les enquêtes depuis maintenant douze ans. Si les ventes ne sont pas encore exceptionnelles, Viviane Hamy lui fait confiance et l'archéologue poursuit sa double activité.
Pour concilier ses deux métiers, la jeune femme a une technique de travail bien à elle. Ses idées principales prennent forme dans sa tête pendant un an, sa mémoire sélectionne les meilleures, et dès que l'histoire est suffisamment ancrée dans ses souvenirs, elle restitue d'une seule traite tout le roman en trois semaines, pendant ses vacances. Vient ensuite tout le travail de correction, qu'elle n'aime pas particulièrement en raison de son obsession pour le détail. Un mot, une phrase, une assonance qui ne convient pas, et c'est tout une page qui peut s'en retrouver modifiée.
Une fois le texte avancé, Fred le fait lire à son double, sa sœur jumelle Jo, qui lui écrit quelques annotations : des sourires quand elle aime et des vagues pour souligner un passage plus hasardeux. Mais le sens du détail, une qualité essentielle dans son métier d'archéozoologue, continue de la poursuivre dans ses relectures, jusqu'à ce que Viviane Hamy lui rappelle que le script doit bientôt partir chez l'imprimeur...
Ses « rompols », comme elle aime à les désigner, (rompol est un diminutif de « roman » et « policier »), se suivent et se vendent de plus en plus. « Debout les morts » (1995, prix Mystère de la critique), « L'Homme à l'envers » (1999, prix du Roman policier du festival de Cognac), une incursion dans la bande dessinée avec « Les Quatre fleuves » (2000), mettant toujours en scène le commissaire Adamsberg... En 2001, « Pars vite et reviens tard », son neuvième roman, reste pendant près d'un an parmi les meilleures ventes françaises.
« Sous les vents de Neptune », son dernier roman, se vend également très bien. Devant ce succès grandissant, l'auteur se fait de plus en plus rare, fuyant tout ce qui peut de près ou de loin ressembler à une mondanité. Elle cultive sa simplicité et consacre les rares heures de temps libre qui lui reste à sa famille : son fils, maintenant lycéen, et sa sœur, qu'elle considère comme sa moitié.
