En 1866, sa famille part pour Rouen (ville dont est censé venir Daniel Prince) où il fera ses études secondaires. En 1878, sa famille s'installe à Paris, où E. Dujardin continue ses études. Il pense préparer l'entrée à l'Ecole Normale Supérieure.
En 1979, il s'inscrit à la Sorbonne (en licence d'histoire) et au Conservatoire. Il découvre Wagner.En 1881, il décide de se consacrer à la poésie et à la musique. Il rencontre Mallarmé. Il songe à fonder une revue pour faire connaître et diffuser l'oeuvre wagnérienne.
En février 1885 paraît le premier numéro de la Revue wagnérienne. En 1886, il commence à rédiger Les Lauriers sont coupés et prend la direction d'un grand organe symboliste, la Revue indépendante. En 1887, la Revue indépendante publie en quatre parties Les Lauriers sont coupés, de mai à août.
De 1889 à 1893, Dujardin s'essaie au théâtre, toujours dans une perspective symboliste, mais avec un succès relatif.En 1898 il publie un deuxième roman, L'initiation au péché et à l'amour.
Il fait bâtir une maison qui deviendra le lieu de rencontres d'artistes et intellectuels dès 1901. Cette même année, il revient à l'histoire et s'intéresse au mysticisme. Il reprend des études d'histoire des religions à la Sorbonne. Il se passionne pour l'étude des origines du christianisme et des religions primitives.
Il publie en 1904 Le Délaissement du guerrier (poèmes) et fonde la Revue des idées, qu'il dirigera jusqu'en 1907.
Après avoir soutenu sa thèse d'exégèse à la Sorbonne, il se consacre à des travaux d'érudition. En 1911, il est chargé d'un cours d'origine du christianisme et des religions primitives jusqu'en 1920, à l'Ecole pratique des hautes études.
Il épouse en 1924 Marie Chenou, hauteurs de plusieurs oeuvres dans la forme du « monologue intérieur » elle donnera en 1949 une suite aux aventures de Daniel Prince, intitulée La Belle que voici.
En 1925, Valery Larbaud écrit une préface à l'édition définitive des Lauriers sont coupés, qu'il tire ainsi de l'oublie. Il raconte que James Joyce lui aurait avoué y avoir trouvé la technique du « monologue intérieur » utilisée dans Ulysse. Dujardin se penche sur la composition de cette technique d'écriture, et commence à lui consacrer des conférences. Il publie un essai, Le Monologue intérieur, son apparition, ses origines, sa place dans l'oeuvre de James Joyce et dans le roman contemporain.
En 1935, il obtient le prix Lasserre des Lettres pour l'ensemble de son oeuvre. En 1936, il publie un dernier essai sur l'origine du christianisme, qu'il considère comme étant l'aboutissement de ses recherches.
Il meurt en 1949 et laisse inachevée une étude sur Nietzsche.
